La révolution a été une période difficile pour Epoisses. Le château et ses propriétaires vont subir une longue série de mauvais traitements. Cela commence en 1791, lorsque les “officiers municipaux” du village demandent à “M. Pechpeyrou” (les Guitaut sont une branche de la famille de Pechpeyrou) d’apporter les armes présentes au château, de faire détruire les armoiries qui y sont gravées dans la pierre, et enfin de démonter les portes d’entrée de l’enceinte extérieure qui devront être remises à la municipalité. En 1792, un inventaire des meubles est dressé par les officiers municipaux d’Epoisses.

La soeur de Charles de Guitaut ayant émigré en Allemagne, la moitié d’Epoisses qui lui appartient est censée appartenir à “la Nation”. Au début de 1793, les biens et revenus de Charles de Guitaut et de sa sœur sont confisqués. Au mois de mai, les Guitaut sont arrêtés et emprisonnés à Semur, la ville voisine. Ils sont libérés peu après mais, en août, Mme de Guitaut est contrainte d’embrasser… le maire du village. Bien qu’enceinte, elle est de nouveau arrêtée et emprisonnée après son accouchement, cette fois à Dijon. Elle ne sera libérée qu’en novembre 1794… neuf mois après avoir été acquittée.

Mais le château va souffrir autant que ses propriétaires. Suite à une décision du district de détruire les châteaux locaux, un appel d’offres est lancé en mars 1794 pour sa démolition. La sœur de M. de Guitaut ayant émigré, c’est sa moitié qui doit  être démolie. Un architecte nommé Cherier établit le programme de démolition et le réalise. Les travaux durent jusqu’en novembre 1794 et laissent la moitié subsistante en mauvais état. Il faut donc réparer et, par endroits, reconstruire. Plusieurs projets sont examinés (dont un qui est présenté par Cherier), mais aucun n’est retenu. Il faudra attendre la Restauration pour que soient entrepris les travaux qui donneront au château son aspect actuel.